Аполипопротеин В е основната белтъчна компонента на липопротеините с ниска плътност /LDL-холестерол/, с междинна плътност /IDL/ и много ниска плътност / VLDL- холестерол/. Всяка от тези липидни частистици съдържа точно по една молекула от апо В. Така той е показател за броя на атерогенните частици, докато измерването на LDL холестерола дава информация само за съдържанеието на холестерола в LDL частиците. Освен тях, при някои състояния се образуват малки и много плътни LDL частици, които лесно преминават през съдовата стена и се отлагат под формата на атерослеротични плаки. Това са т.нар. sd LDL, които напоследък се считат за по-опасни от LDL.
Поради тази и някои методични предимства най- новите изследвания доказват, че апо В е по-надежден и информативен лабораторен критерий за риск от сърдечно съдови заболявания, отколкото изследването на отделните липидни фракции. Особено полезно е изследването му в случаите с повишени стойности на триглицеридите, при които интерпретацията на резултатите от LDL-холестерола може да бъде затруднена. Повишението на Апо В е свързано с наличието на високи концентрации на “лошия холестерол” в кръвта, което говори за риск от развитието на сърдечно-съдови и мозъчни заболявания. Има и наследствени състояния, при които се наблюдават високи стойности на този белтък, напр. фамилна хиперхолестеролемия.
Други заболявания, които могат да повишат неговите концентрации са некомпенсиран захарен диабет, хипотиреоидизъм, тежки бъбречни и чернодробни заболявания. Намалени концентрации могат да се наблюдават при наследствени заболявания, свързани с подтиснато образуване на Апо В водещо като резултат до ниски нива на LDL и VLDL холестерола, но също и при хипертиреоидизъм, алкохолизъм, остри инфекции.
Съвместното изследване на двата липопротеина дава възможност да се изчисли коефициент на атерогенност – Апо В / Апо А, чието повишение строго корелира с опасността от възникване на сърдечни и мозъчни инциденти. Този индекс има по-добра прогностична стойност отколкото останалите липидни съотношения като общ холестерол / HDL; LDL/HDL относно риска от бъдещи сърдечно-съдови и мозъчни усложнения.
Предимствата на това отношение се откроява особено при метаболитния синдром, при който дислипидемията се характеризира с високи стойности на триглицеридите , но нивата на LDL- холестерола могат да бъдат нормални. При такива пациенти, с нормални концентрации на LDL, но високи стойности на аполипопротеин В, може да се касае за наличие на много малки и плътни LDL частици, което се свързва със значителен риск .Предимствата на аполипопротеините се допълват и от факта,че не се изисква задължително 12 часово гладуване преди пробовземането, което е задължително условие при изследването на повечето показатели влизащи в състава на липидния профил.